Η σωστή διαχείριση ενός έργου είναι αναπόσπαστο κομμάτι της επιτυχίας του. Αυτή η υπηρεσία συμπεριλαμβάνει, συντονισμό εργασιών και φορέων που συμμετέχουν στην υλοποίηση του έργου, οικονομική διαχείριση, παρακολούθηση κρίσιμων ημερομηνιών, επίλυση προβλημάτων τεχνολογικής ή διοικητικής υφής τα οποία προκύπτουν από την υλοποίηση έργων, διοργάνωση συναντήσεων έργου, συντονισμός δραστηριοτήτων διάχυσης των αποτελεσμάτων των έργων.
Το ΚΕΣΕΑ παρέχει υπηρεσίες διαχείρισης έργου, που συμπεριλαμβάνουν τις πιο πάνω δράσεις. Μέσα από δοκιμασμένες και αναγνωρισμένες μεθοδολογίες και με τη χρήση εξειδικευμένων εργαλείων, συντονίζει τις δράσεις έργων και τα φέρνει εις πέρας με επιτυχία. Ο συντονισμός αυτό συμπεριλαμβάνει τόσο συγχρηματοδοτούμενα από την Ευρωπαϊκή Ένωση αλλά και από άλλους φορείς.